Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Kindle Collection Manager unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Kindle Collection Manager unterstützten Basisdateien sind .AZW2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Kindle Collection Manager zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Kindle Collection Manager verwendet werden.
Mit Kindle Collection Manager können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Kindle Collection Manager öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Kindle Collection Manager unterstützten Dateiformat zu speichern.