Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Kerkythea unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Kerkythea unterstützten Basisdateien sind .KZX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Kerkythea zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Kerkythea verwendet werden.
Mit Kerkythea können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Kerkythea öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Kerkythea unterstützten Dateiformat zu speichern.