Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Kega Fusion unterstützt mindestens 6 verschiedene Dateiendungen. Die von Kega Fusion unterstützten Basisdateien sind .GEN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Kega Fusion zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Kega Fusion verwendet werden.
Mit Kega Fusion können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Kega Fusion öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Kega Fusion unterstützten Dateiformat zu speichern.