Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. JWPce unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von JWPce unterstützten Basisdateien sind .JIS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in JWPce zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von JWPce verwendet werden.
Mit JWPce können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über JWPce öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von JWPce unterstützten Dateiformat zu speichern.