Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Junction Box unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Junction Box unterstützten Basisdateien sind .NTJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Junction Box zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Junction Box verwendet werden.
Mit Junction Box können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Junction Box öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Junction Box unterstützten Dateiformat zu speichern.