Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. JRuby unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von JRuby unterstützten Basisdateien sind .RB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in JRuby zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von JRuby verwendet werden.
Mit JRuby können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über JRuby öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von JRuby unterstützten Dateiformat zu speichern.