Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. JProbe unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von JProbe unterstützten Basisdateien sind .JPH. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in JProbe zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von JProbe verwendet werden.
Mit JProbe können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über JProbe öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von JProbe unterstützten Dateiformat zu speichern.