Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. JNOS unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von JNOS unterstützten Basisdateien sind .NOS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in JNOS zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von JNOS verwendet werden.
Mit JNOS können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über JNOS öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von JNOS unterstützten Dateiformat zu speichern.