Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. jIRCii unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von jIRCii unterstützten Basisdateien sind .IRC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in jIRCii zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von jIRCii verwendet werden.
Mit jIRCii können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über jIRCii öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von jIRCii unterstützten Dateiformat zu speichern.