Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. JCT unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von JCT unterstützten Basisdateien sind .JCT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in JCT zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von JCT verwendet werden.
Mit JCT können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über JCT öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von JCT unterstützten Dateiformat zu speichern.