Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. JClic unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von JClic unterstützten Basisdateien sind .JCLIC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in JClic zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von JClic verwendet werden.
Mit JClic können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über JClic öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von JClic unterstützten Dateiformat zu speichern.