Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Java IPS Patcher unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Java IPS Patcher unterstützten Basisdateien sind .IPS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Java IPS Patcher zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Java IPS Patcher verwendet werden.
Mit Java IPS Patcher können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Java IPS Patcher öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Java IPS Patcher unterstützten Dateiformat zu speichern.