Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ixiQuarks unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ixiQuarks unterstützten Basisdateien sind .IXI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ixiQuarks zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ixiQuarks verwendet werden.
Mit ixiQuarks können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ixiQuarks öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ixiQuarks unterstützten Dateiformat zu speichern.