Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iStopMotion unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von iStopMotion unterstützten Basisdateien sind .ISMCLIP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iStopMotion zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iStopMotion verwendet werden.
Mit iStopMotion können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iStopMotion öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iStopMotion unterstützten Dateiformat zu speichern.