Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. IsoPuzzle unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von IsoPuzzle unterstützten Basisdateien sind .FLG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in IsoPuzzle zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von IsoPuzzle verwendet werden.
Mit IsoPuzzle können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über IsoPuzzle öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von IsoPuzzle unterstützten Dateiformat zu speichern.