Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ISOLINUX unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ISOLINUX unterstützten Basisdateien sind .16. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ISOLINUX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ISOLINUX verwendet werden.
Mit ISOLINUX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ISOLINUX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ISOLINUX unterstützten Dateiformat zu speichern.