Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ISE Simulator unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ISE Simulator unterstützten Basisdateien sind .ABL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ISE Simulator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ISE Simulator verwendet werden.
Mit ISE Simulator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ISE Simulator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ISE Simulator unterstützten Dateiformat zu speichern.