Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ISAPI Loader unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von ISAPI Loader unterstützten Basisdateien sind .BACKUP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ISAPI Loader zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ISAPI Loader verwendet werden.
Mit ISAPI Loader können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ISAPI Loader öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ISAPI Loader unterstützten Dateiformat zu speichern.