Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Isadora unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Isadora unterstützten Basisdateien sind .IZZ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Isadora zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Isadora verwendet werden.
Mit Isadora können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Isadora öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Isadora unterstützten Dateiformat zu speichern.