Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iPhone Configuration Utility OS X unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von iPhone Configuration Utility OS X unterstützten Basisdateien sind .MOBILECONFIG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iPhone Configuration Utility OS X zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iPhone Configuration Utility OS X verwendet werden.
Mit iPhone Configuration Utility OS X können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iPhone Configuration Utility OS X öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iPhone Configuration Utility OS X unterstützten Dateiformat zu speichern.