Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iPhone Configuration Utility unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von iPhone Configuration Utility unterstützten Basisdateien sind .MOBILECONFIG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iPhone Configuration Utility zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iPhone Configuration Utility verwendet werden.
Mit iPhone Configuration Utility können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iPhone Configuration Utility öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iPhone Configuration Utility unterstützten Dateiformat zu speichern.