Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Integrative Genomics Viewer unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Integrative Genomics Viewer unterstützten Basisdateien sind .IGV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Integrative Genomics Viewer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Integrative Genomics Viewer verwendet werden.
Mit Integrative Genomics Viewer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Integrative Genomics Viewer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Integrative Genomics Viewer unterstützten Dateiformat zu speichern.