Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Integrated Genome Browser unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Integrated Genome Browser unterstützten Basisdateien sind .BED. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Integrated Genome Browser zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Integrated Genome Browser verwendet werden.
Mit Integrated Genome Browser können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Integrated Genome Browser öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Integrated Genome Browser unterstützten Dateiformat zu speichern.