Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Inno Setup unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Inno Setup unterstützten Basisdateien sind .DAT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Inno Setup zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Inno Setup verwendet werden.
Mit Inno Setup können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Inno Setup öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Inno Setup unterstützten Dateiformat zu speichern.