Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iNES unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von iNES unterstützten Basisdateien sind .NES. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iNES zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iNES verwendet werden.
Mit iNES können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iNES öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iNES unterstützten Dateiformat zu speichern.