Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Imaris unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Imaris unterstützten Basisdateien sind .LIF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Imaris zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Imaris verwendet werden.
Mit Imaris können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Imaris öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Imaris unterstützten Dateiformat zu speichern.