Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ImageJ unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von ImageJ unterstützten Basisdateien sind .LIF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ImageJ zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ImageJ verwendet werden.
Mit ImageJ können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ImageJ öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ImageJ unterstützten Dateiformat zu speichern.