Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iGrafx FlowCharter unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von iGrafx FlowCharter unterstützten Basisdateien sind .FTM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iGrafx FlowCharter zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iGrafx FlowCharter verwendet werden.
Mit iGrafx FlowCharter können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iGrafx FlowCharter öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iGrafx FlowCharter unterstützten Dateiformat zu speichern.