Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. IGOR Pro unterstützt mindestens 6 verschiedene Dateiendungen. Die von IGOR Pro unterstützten Basisdateien sind .HDF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in IGOR Pro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von IGOR Pro verwendet werden.
Mit IGOR Pro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über IGOR Pro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von IGOR Pro unterstützten Dateiformat zu speichern.