Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iGIS unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von iGIS unterstützten Basisdateien sind .GLC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iGIS zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iGIS verwendet werden.
Mit iGIS können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iGIS öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iGIS unterstützten Dateiformat zu speichern.