Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iClone unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von iClone unterstützten Basisdateien sind .CTS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iClone zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iClone verwendet werden.
Mit iClone können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iClone öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iClone unterstützten Dateiformat zu speichern.