Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. iBooks Author unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von iBooks Author unterstützten Basisdateien sind .IBOOKS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in iBooks Author zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von iBooks Author verwendet werden.
Mit iBooks Author können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über iBooks Author öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von iBooks Author unterstützten Dateiformat zu speichern.