Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HyperRESEARCH unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von HyperRESEARCH unterstützten Basisdateien sind .HS2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HyperRESEARCH zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HyperRESEARCH verwendet werden.
Mit HyperRESEARCH können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HyperRESEARCH öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HyperRESEARCH unterstützten Dateiformat zu speichern.