Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HoverDesk unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von HoverDesk unterstützten Basisdateien sind .HVD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HoverDesk zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HoverDesk verwendet werden.
Mit HoverDesk können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HoverDesk öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HoverDesk unterstützten Dateiformat zu speichern.