Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Houdini unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Houdini unterstützten Basisdateien sind .EXR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Houdini zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Houdini verwendet werden.
Mit Houdini können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Houdini öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Houdini unterstützten Dateiformat zu speichern.