Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HON Modification Manager unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von HON Modification Manager unterstützten Basisdateien sind .HONMOD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HON Modification Manager zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HON Modification Manager verwendet werden.
Mit HON Modification Manager können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HON Modification Manager öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HON Modification Manager unterstützten Dateiformat zu speichern.