Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HEXplorer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von HEXplorer unterstützten Basisdateien sind .A2L. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HEXplorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HEXplorer verwendet werden.
Mit HEXplorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HEXplorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HEXplorer unterstützten Dateiformat zu speichern.