Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Hexagon unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Hexagon unterstützten Basisdateien sind .HXN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Hexagon zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Hexagon verwendet werden.
Mit Hexagon können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Hexagon öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Hexagon unterstützten Dateiformat zu speichern.