Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Hex Editor unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Hex Editor unterstützten Basisdateien sind .HEX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Hex Editor zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Hex Editor verwendet werden.
Mit Hex Editor können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Hex Editor öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Hex Editor unterstützten Dateiformat zu speichern.