Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HeuristicLab unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von HeuristicLab unterstützten Basisdateien sind .HL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HeuristicLab zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HeuristicLab verwendet werden.
Mit HeuristicLab können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HeuristicLab öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HeuristicLab unterstützten Dateiformat zu speichern.