Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Helium unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Helium unterstützten Basisdateien sind .HS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Helium zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Helium verwendet werden.
Mit Helium können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Helium öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Helium unterstützten Dateiformat zu speichern.