Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Helicon Filter unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Helicon Filter unterstützten Basisdateien sind .MEF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Helicon Filter zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Helicon Filter verwendet werden.
Mit Helicon Filter können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Helicon Filter öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Helicon Filter unterstützten Dateiformat zu speichern.