Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HDFView unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von HDFView unterstützten Basisdateien sind .HDF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HDFView zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HDFView verwendet werden.
Mit HDFView können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HDFView öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HDFView unterstützten Dateiformat zu speichern.