Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. HDF unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von HDF unterstützten Basisdateien sind .HDF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in HDF zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von HDF verwendet werden.
Mit HDF können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über HDF öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von HDF unterstützten Dateiformat zu speichern.