Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Hatari unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Hatari unterstützten Basisdateien sind .ST. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Hatari zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Hatari verwendet werden.
Mit Hatari können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Hatari öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Hatari unterstützten Dateiformat zu speichern.