Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. H-JTAG unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von H-JTAG unterstützten Basisdateien sind .HFC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in H-JTAG zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von H-JTAG verwendet werden.
Mit H-JTAG können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über H-JTAG öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von H-JTAG unterstützten Dateiformat zu speichern.