Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Graphviz unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Graphviz unterstützten Basisdateien sind .GV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Graphviz zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Graphviz verwendet werden.
Mit Graphviz können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Graphviz öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Graphviz unterstützten Dateiformat zu speichern.