Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GraphClick unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von GraphClick unterstützten Basisdateien sind .GC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GraphClick zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GraphClick verwendet werden.
Mit GraphClick können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GraphClick öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GraphClick unterstützten Dateiformat zu speichern.