Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GrafEq unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von GrafEq unterstützten Basisdateien sind .GQS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GrafEq zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GrafEq verwendet werden.
Mit GrafEq können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GrafEq öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GrafEq unterstützten Dateiformat zu speichern.