Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. GPSBabel unterstützt mindestens 9 verschiedene Dateiendungen. Die von GPSBabel unterstützten Basisdateien sind .KML. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in GPSBabel zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von GPSBabel verwendet werden.
Mit GPSBabel können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über GPSBabel öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von GPSBabel unterstützten Dateiformat zu speichern.